Khởi nguồn của Mật Tông là một vấn đề được đặt ra trong lịch sử Phật giáo, có rất nhiều nghiên cứu dựa vào thuyết pháp của Đông mật để tiến hành khảo xét, mà những giải thích của Phật giáo Tạng truyền có liên quan đến việc khởi nguồn của Mật tông lại hoàn toàn khác nhau. Phật giáo Tạng truyền cho rằng, Mật tông là thuyết pháp thuần chính được phát ra từ miệng của Phật. Họ cho rằng, Phật lấy sự hóa thân muôn vẻ để truyền thụ Mật pháp cho một số ít đệ tử có căn khí thù thắng, thường cho rằng Phật của quả địa là Đại Nhật Như Lai, vì người thành tựu quả địa là Kim Cương Tát Đỏa (Vajrasattva). Kim Cương Tát Đỏa kế thừa tinh thần của Đại Nhật Như Lai, công them sự tiếp nối vô hạn về thời gian, cho nên vị giáo chủ đời thứ nhất của Mật tông là Đại Nhật Như Lai, còn vị giáo chủ đời thứ hai là Kim Cương Tát Đỏa. Pháp thân Như Lai của Đại Nhật Như Lai bản thân tựa như vầng thái dương, tượng trưng cho tự tính Bồ đề, là phật tính của mỗi con người, là một sự hiển hiện của Phật đức. Kim Cương Tát Đỏa được tôn nên là vị tổ sư đời thứ 2 của Mật tông, ông là quyến thuộc của Đại Nhật Như Lai, đứng đầu trong các Kim Cương, thuộc Kim cương pháp giới cung. Đại Nhật Như Lai từng đích thân truyền thừa Mật pháp cho ông, rồi ông lại truyền cho Thích Ca Mẫu Ni, vì thế ông trở thành vị tổ thứ 2 trong quá trình truyền thừa Mật pháp. Kim cương Tát Đỏa chính là vị Kim cương hữu tình, kéo dài được sinh mệnh, là vị có trí tuệ to lớn, có thể chừ bỏ phiền não, hòa nhập vào không tính bát nhã, thể hội được Phật tính.