Lịch sử quá trình Mật tông được truyền vào Trung Quốc đến sự thay đổi diễn biến của nó có thể chia thành ba thời kỳ:

Thời kỳ đầu là thời kỳ Mật giáo nguyên thủy của Ấn Độ được truyền vào Trung Quốc. Khi đó Mật giáo được phát triển ở Trung Quốc là thuần túy. Để nó trở thành một tông phái thì phải đến khi Mật giáo Du già như Kim cương trí, Thiện vô úy được truyền vào.

Thời ký thứ hai là thời kỳ Mật giáo Du già thuần túy của Ấn Độ được truyền vào Trung Quốc, đây cũng là thời kỳ Mật tông Trung Quốc chính thức được thiết lập.Từ sự lưu truyền của các bậc tiền nhân,lại thêm có không ít các đại sư nổi lên, vì thế đã hình thành nên một tông phái Phật giáo lấy việc tu tập Mật pháp làm chủ tại Trung Quốc gọi là Mật tông.

Thời kỳ thứ ba là Mật giáo ở thời kỳ cuối của Ấn Độ được truyền vào Trung Quốc, khoảng vào thời Bắc Tống. Rất đông các đại sư Mật giáo Ấn Độ đến Trung Quốc giảng đạo thuyết pháp, từng bước đẩy mạnh sự pháp triển của Mật tông tại Trung Quốc. Mật tông Trung Quốc chỉ truyền thừa Tiền tam bộ mà không có Vô thượng Du già bộ.

Tại vùng Tây Tạng Trung Quốc, do vị trí địa lý đặc biệt , nên vùng này sớm đã tiếp thu giáo pháp của Mật tông, mà giáo nghĩa được bảo lưu ngày càng trở nên hoàn thiện, bao gồm có tứ bộ mật tục, sau này Ấn Độ lại truyền vào Tây Tạng Kim Cương thừa Mật giáo, kết hợp với Mật giáo được truyền thừa trước đây mà Mật tông ở Tây Tạng bắt đầu được phổ biến rộng rãi.