Kinh điển trong Mật Tông nhiều không kể xiết , các cách phân loại khác nhau, tiêu chuẩn cũng không giống nhau. Lấy tiêu chi phân loại của Đông Mật, cho rằng bà bộ kinh điển chủ yếu của Mật Tông gồm: Đại nhật kinh, Kim cương đỉnh kinh và Tô tất địa kinh. Đại nhật kinh hấp thụ, đại pháp giới Thai Tạng trong Mật Tông, giảng giải về giáo nghĩa cơ bản, các nghi thức lễ pháp và phương pháp cúng dàng trong Mật Tông. Giáo lý cơ bản nhất trong bộ kinh này đó là “nhân, căn bản, cứu cánh”, việc trì tịnh hóa và mọi diệu thù đều nằm trong bộ kinh này; Kim cương đỉnh kinh  là bộ kinh điển có tính ứng dụng cao nhất trong Mật Tông, đó là để người tu hành có thể chứng ngộ được cảnh giới của Phật Bồ Tát, đề ra các phương thức tu hành, nghi thức lễ pháp độc đảo riêng của Mật Tông như quán đỉnh, quán tu, kết ấn. Tô tất đại kinh là bộ kinh tuyên truyền tôn chỉ “ Kim thai vi nhất, sắc tâm bất nhị”, trình bày cụ thể pháp tức tai, pháp tăng ích, pháp giảng phục và hang loạt pháp tu cụ thể trong Mật Tông  đồng thời giới thiệu những yêu cầu việc tu tập Mật pháp đối với thượng sư và người học, ngoài ra còn ghi chép rất nhiều giới luật của Mật Tông.

Còn dựa vào tiêu chí phân loại của  Phật Giáo Tạng truyền Tây Tạng chia kinh điển Mật giáo thành bốn bộ, gọi là Tứ bộ mật tục: Sự bộ : Lấy tu trì pháp là những nghi lễ tán pháp làm chủ; Hành bộ: Lấy tu trì pháp gồm sự hài hòa giữa thân, ngữ và ý ở bên trong với những thuật tà ở bên ngoài; Du già bộ: Tu tập tam ma địa bên trong để đạt đến cảnh giới tam mật và Phật bất nhị tương ứng làm chủ: Vô thương Du già bộ: Coi trọng “Bi trí viên dung”, “ Không lạc song vận” nhưng đều không có cách gì vượt qua được Mật thừa.