Phép tu chứng căn bản của Mật Tông chủ yếu là tu trù tam mật gồm thân, ngữ, ý. Tam mật hấp thụ tất thảy sắc pháp, sự thể hiện hình sắc ra bên ngoài của vũ trụ vạn vật đều thuộc vào thân mật của Phật; hấp thụ tất thảy thanh âm, tiếng suối chảy nước trôi, tiếng chim kêu thánh thót, tiêng côn trùng ngân vang đều là ngữ mật của Phật; hấp thụ tất thảy tâm pháp, thiền định trong tâm, ngay cả toàn bộ được tâm niệm giác chiều là ý mật của Phật, tam mật hấp thụ toàn bộ nghiệp dụng của vạn pháp, thuộc vào “dụng đại” trong tam đại thể, tướng, dụng. Chúng sinh trải qua quán đỉnh thượng sư, thông qua sự tu hành khổ hạnh, khiến tam nghiệp của bản thân là thân, ngữ, ý được thanh tịnh, rối tiến tới đạt đến tương ứng với thân, ngữ, ý của Phật, tức là cảnh giời “ Ta chính là Phật, Phật chính là ta”, Cũng tức là thân mình trở thành Phật. Đó chính là phương pháp thực tiễn cơ bản của Mật pháp, tất cả thu pháp của Mật Tông đều lấy nền tảng từ đây.